针对病毒性心肌炎这种疾病，目前医学上的治疗方法有多种，其中一种就是使用药物来治疗，比如通常会使用到抗生素，还会使用抗病毒的药物，使用能调节免疫功能的药物等等。
1、抗生素
虽对引起心肌炎的病毒无直接作用，但因细菌感染是病毒性心肌炎的重要条件因子，故在开始治疗时，均主张适当使用抗生素。一般应用青霉素肌注1～2周或400万～960万u/d静脉滴注1周或克林霉素1.2g/d静脉滴注1周，以清除链球菌和其他敏感细菌。
2、保护心肌
心肌炎时，自由基产生增多，而超氧化物歧化酶活性下降，自由基加重心肌细胞损伤。(1)维生素C具有保护心肌不受自由基和脂质过氧化损伤作用。用法：重症心肌炎患者，维生素C5g+5%葡萄糖注射液250ml，静脉滴注，每日1次，疗程1～2周。(2)辅酶Q10参与氧化磷酸化及能量的生成过程，并有抗氧自由基及膜稳定作用。用法：辅酶Q10片10mg口服，每日3次，疗程1个月。(3)曲美他嗪通过抑制游离脂肪酸β氧化，促进葡萄糖氧化，利用有限的氧，产生更多ATP，增加心脏收缩功能。用法：曲美他嗪20mg口服，每日3次，疗程1个月。
3、抗病毒
近年来对原发病毒感染提出使用干扰素或干扰素诱导剂预防和治疗心肌炎，与此同时，对其他抗病毒的药物研究在继续深化，并有新药应用于临床，如阿昔洛韦、更昔洛韦。李红等研究结果表明，更昔洛韦有抗巨细胞病毒的活性，能明显减少巨细胞病毒所诱导的细胞凋亡的发生。对中药抗病毒的研究仍在继续，如郭乃榄等研究发现大蒜素在体外能有效地抑制巨细胞病毒；李红等在实验中亦进一步证实了大蒜毒对巨细胞病毒临床分离株的抑制作用。另外，其他一些中药如大青叶、板蓝根、连翘、虎杖等可能对病毒感染有效。
4、肾上腺皮质激素的应用
关于皮质激素的应用目前尚有争论，多数认为：病程早期(即发病18天内)及轻症病例则不必使用；病情严重如心脑综合征、心源性休克、Ⅱ度以上房室传导阻滞、严重心力衰竭等应立即使用，病情缓解减量停药；反复发作或病情迁延者，可能与自身免疫有关，故主张使用，一般病例口服强的松1～1.5mg/(kg.d)，3～4周，症状缓解逐渐减量、停药；严重病例使用氢化考的松8～12mg/(kg.d)或地塞米松0.2～0.4mg/(kg.d)静脉滴注。
5、调节免疫功能
针对免疫情况选用免疫增强剂、转移因子、胸腺肽针剂、干扰素等。近年来研究的主要方向是，如何应用生物手段在病毒性心肌炎的早期进行有效治疗，改善心肌病理改变，减少炎细胞浸润，降低心肌纤维化程度，降低病死率。研究发现，中药黄芪对提高免疫功能及改善心功能有益，葛根在治疗病毒性心肌炎中亦有较好效果，在辨证组方中重用葛根，对缓慢性心律失常患者有提高心率的作用。
6、对症治疗
出现心力衰竭者，按常规心力衰竭治疗，但洋地黄用量偏小，贝那普利5～10mg或培哚普利2～4mg或咪达普利5～10mg口服，每天l次。心肌炎急性期不主张应用β受体阻滞剂，因其可降低心肌免疫力；但若有心脏扩大、心肌变薄等重构倾向时，即使急性期也应用。完全性房室传导阻滞者，使用临时体外起搏器，不能恢复者安装永久心脏起搏器。根据心律失常情况选择抗心律失常药物治疗。
